Концертирующая органистка, участница всероссийских и международных фестивалей («Музыкальное приношение Иоганну Себастьяну Баху», (РАМ им. Гнесиных), Московский международный органный фестиваль (МГК им. Чайковского), Международный фестиваль «Фрау Орган» (Челябинск), Фестиваль памяти Александра Майкапара «От Баха до современности» (Москва, 2022). В мае 2017 года сыграла благотворительный концерт в г. Гюнсбах (Франция) на органе, спроектированном А. Швейцером.
Лилия Якушева выступала на таких престижных площадках России, как: залы Московской консерватории, Римско-католический собор Непорочного зачатия Пресвятой Девы Марии и Евангелическо-лютеранский кафедральный собор святых Петра и Павла в Москве, Концертный зал Мариинского театра, а также залы филармоний Кисловодска, Смоленска, Кирова, Челябинска, Курска, Кисловодска, Витебска и других городов.